主條目：第二次國共內戰
用小推車支援共產黨後勤的農民
1947年3月10日，中共首都留守處人員從南京返回延安3天後，國軍胡宗南兵團從洛川沿成榆公路向延安進攻
中華民國政府撤退至台灣路線
1945年8月起開始的第二次國共內戰，中國國民黨稱為「動員戡亂」或「抗共衛國戡亂戰爭」，中國共產黨則稱為「解放戰爭」，也稱「第三次國內革命戰爭」。
抗戰後局勢（1945年－1946年）
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抗日戰爭結束後，因為國軍與共產黨部隊衝突加劇[26]，1945年8月，毛澤東、周恩來、王若飛等飛赴重慶與國民政府談判。談判內容主要是投降日軍接收，共產黨部隊與國軍的合併，共產黨戰後的參政議政等問題。雙方於10月10日簽署「政府與中共代表會談紀要」（即「雙十協定」），決定在年底召開政治協商會議。國共雙方在重慶展開談判並召開政治協商會議，然而談判很快破裂，內戰全面爆發。
1946年1月，國共兩黨與民盟、中國青年黨、中國民主社會黨等代表召開政治協商會議，通過和平建國綱領等五個決議案，一致同意在和平建國綱領下，共同實現民主憲政[27][28]。但實際上雙方衝突未有結束。2月底，雖受反蘇運動等因素影響，國共雙方仍達成整軍方案，統一將國共軍隊整編為中國國防軍。協定劃定全國駐軍服務區，各軍隊集結在此統一整編；整編以12個月為一期，分期縮編部隊，直到完成全國60個師的目標。3月底，國共達成迄今最後一個正式協議——東北停戰協定，但對東北內戰無實際約束。
美國國務卿指出，蘇聯在華北駐軍的主要任務是實施對日軍的繳械和遣返。在中國軍隊能獨立擔負責任後，蘇聯駐軍將立即撤回[29]。
由於對日作戰，蘇聯控制了中國滿洲（中國東北）及蒙疆（內蒙古）的部分地區。中共中央主席毛澤東欲接管東北，以便繼續與中國國民黨鬥爭[30]。而史達林則為了避免和美國支持的國民政府衝突進一步加劇，拒絕了毛澤東的要求，決定推行「聯合政府」政策，並一度向國民政府提出協議，支持國民政府接管東北，以換取蘇聯在東北的經濟利益，並要求美國勢力不得進入東北[30]。由於國民政府拒絕蘇聯方面的要求，蘇軍於1946年在撤離東北回國之前，為中共搶占東北的真空地帶提供了很多便利條件[30][31]。例如，蘇聯紅軍將部分繳獲自日本關東軍的武器移交給林彪的東北野戰軍。[32]
國軍全面進攻（1946年－1947年9月）
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戰爭初期國軍一度取得優勢，佔領中國共產黨所控制的張家口和延安等戰略要地。
1946年3月至1947年3月，國共雙方邊打邊談，在東北、中原、華北等處展開爭奪。1946年一月停戰令之後，軍事衝突暫息數月；同年3月，蘇聯自東北撤軍，中國共產黨隨即迅速占領重要據點並阻止國軍北上，導致4月時東北發生大規模軍事衝突。6月26日，山東和中原地區再度爆發衝突，中國共產黨將此視為全面內戰起始點。同年11月15日，在共產黨與民盟的抵制下，國民黨與青年黨、民社黨等召開制憲國民大會，並於該年12月25日通過《中華民國憲法》。與此同時，國民黨調集三路兵力，集結在陝甘寧邊區和延安周圍。國民黨為迎接制憲國大，下達了第四次停戰令，但對軍隊無實際約束力。11月19日，周恩來所率的中共代表團結束了與國民黨進行了一年多的和平談判，返回延安。
1947年1月初，國民黨應美國特使喬治·卡特萊特·馬歇爾要求，先後三次呼籲中共舉行圓桌會談，解決兩黨爭端。中共認為國民黨沒有誠意，中共南京代表陸定一回應，「廢除偽憲法（指中華民國憲法）和恢復1946年1月31日軍事位置，是恢復和談的最低限度」[33]。國共談判破裂。1月29日，美國政府決定終止對軍事調處執行總部的關係，放棄國共調處工作，退出三人會議，迅速撤退了美方派駐軍調部的人員。次日，中華民國政府宣布解散三人小組及北平軍調部。2月3日，美國駐延安聯絡團人員撤離。6日，北平軍調處執行部美軍人員撤退。2月底，國民黨下令在南京、上海、重慶之中共留守處代表於3月5日前撤離首都衛戍司令部、淞滬警備司令部、重慶警備司令部，分别致電函京滬渝中共代表，所有中共人員限期全部撤退[34]，並關停重慶《新華日報》社。3月7日，董必武率中共代表團返回延安。
1947年3月15日，國民黨第六屆中央執行委員會第三次全體會議在南京開幕[35]:8312。蔣介石主持，出席中央委員146人，候補中央委員46人，列席各地黨部及三民主義青年團書記長68人；蔣致開幕詞，稱「中共全面叛亂……政治解決的途徑已經絕望……政府為捍衛國家統一，保障人民安全，當然不能坐視變亂而不加制止……我敢斷定，決沒有任何力量能阻止我們建國工作的完成。」[35]:8312同時聲稱「實行民主，結束訓政，改組政府」[35]:8312。3月17日，參謀總長陳誠向三中全會報告軍事，歷述一年來建軍、復員、整軍工作之情形及對中共之軍事情況，稱：「剿匪絕對自信，絕對有把握」，「剿匪應以軍事為中心」，「如果真正作戰，只需三個月即可擊破共軍主力……政府用兵之目的在於平定叛亂，非至共軍全部解除武裝不止。」[35]:83143月24日，中國國民黨第六屆中央執行委員會第三次全體會議閉幕，並發表宣言，宣稱中國國民黨之任務為：完成憲政準備，確立建國規模；消除統一障礙，鞏固國家基礎[35]:8320。至此，國共兩黨第二次合作徹底破裂。
1947年3月至9月，中共軍隊處於守勢，寧可喪失關內所有根據地，也要死守東北；國軍則向中共控制區進攻。由於採取運動戰打擊國軍，國軍屢受打擊，還要分兵把守占領城市，機動兵力日益不足。然而到1947年初，在土地改革等政策下，中國共產黨逐漸開始以局部反攻以對抗國軍的重點進攻。至1947年中，中國共產黨取得戰爭主動權，戰局逆轉。
1947年，中共軍隊拋棄國軍番號，陸續改稱為中國人民解放軍，簡稱「解放軍」，國民黨方面則稱為「共軍」。
戰局逆轉（1947年9月－1950年8月）
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參見：三大會戰和中華民國政府遷台
1947年9月至1948年9月，解放軍開始展開主動攻勢，在東北將國軍壓縮至幾個孤立城市，在中原地區則擁有優勢地位，對首都南京所在的華中地區形成壓迫，國共雙方的武力優勢逐漸反轉。1948年秋季，解放軍在東北、華東、華北三個方向發動戰略決戰，即遼西會戰、徐蚌會戰、平津會戰等三大會戰，並取得全部三場戰役的勝利。解放軍在三大會戰（遼西會戰、徐蚌會戰、平津會戰）中擊敗國軍主力，隨後發動渡江戰役，最終控制整個中國大陸。在三大會戰中，國軍總兵力損失150萬人以上，精銳兵團幾乎全軍覆沒，除西北外，長江以北的地區幾由解放軍所控制。與此同時，共產黨開始在北方動員十數萬名幹部南下，以此作為接管南方政權的主要力量。盡管戰局對共產黨有利，但是農村的南下幹部動員卻一度十分被動，甚至發生了幹部逃亡的現象，反而是城市的失業知識青年更積極地響應共產黨的南下動員[36]。
蘇多柏拉托夫在其1994年出版的個人回憶錄《特殊使命（英語：Special Tasks）》一書中說，蘇聯在1948年中國人民解放軍發動遼西會戰、徐蚌會戰、平津會戰、渡江戰役這些戰略進攻行動期間特意引發「第一次柏林危機」，是史達林和毛澤東共同協商而做出的一個重大戰略計劃，他們想以此轉移美國對中國國共內戰的戰略注意力，將美國的援助重心牽制在歐洲，減少美國對反共的蔣介石領導下的國軍的援助力度[37]。
另一方面，國民政府在1947年國民大會代表選舉與1948年立法委員選舉後行憲，由國民大會選出蔣中正、李宗仁為首任總統、副總統，將國民政府改組為一府五院的中華民國政府，並在該年9月實施金圓券等經濟改革措施，以企圖挽救民心。但金圓券在同年底即告失敗，造成國民政府統治區內急速地通貨膨脹，使經濟情勢更加混亂。
1949年1月21日，面對軍事與經濟上的失利，蔣中正下野，副總統李宗仁出任代總統。李宗仁接任後有意停戰。4月，國共雙方在北平舉行和平談判，但中華民國政府無法接受共產黨所提出的國內和平協定，談判遂於4月20日宣告破裂，解放軍隨即發動渡江戰役，攻下南京、上海等中部大城，並在接下來的幾個月內拿下華中與華南大部分地區，國軍則不斷向東南沿海與西南撤退。9月26日，新疆省國軍駐軍倒戈。
1949年10月1日，中華人民共和國中央人民政府成立典禮在北京進行，中國國民黨與中華民國政府則遷往臺灣。10月1日，中華人民共和國在北平（後復名北京）成立；中華民國政府則相繼撤退至廣州、重慶、成都等城市，最終於該年12月7日撤退至臺灣。
西藏地方當時處於半獨立狀態，並未受中華民國政府指揮。1950年4月西昌戰役，解放軍攻下西康省的西昌縣，10月發動昌都戰役，此後解放軍進入西藏。1950年8月，解放軍奪取萬山群島。
海峽對峙（1950年－1979年）
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參見：韓戰、兩岸問題、中美關係和台海現狀
蔣中正 毛澤東
金門縣大膽島上的「三民主義統一中國」標語，1986年8月金防部司令趙萬富上將令烈嶼師長龔力少將興建，翌年二人同因三七事件去職
維基文庫中的相關原始文獻：告台灣同胞書
1949年3月15日，新華社發表題為《中國人民一定要解放台灣》的社論，首次提出「解放台灣」的口號。1950年元旦，《人民日報》的社論把「解放台灣」的任務放在當年的「四大任務之首」。[38]隨後1950年後幾個月，解放軍一方面逐一攻下沿海島嶼，一方面在福建集中兵力，為渡海攻臺做準備。美國則坐視內戰結束，台海戰事一觸即發。6月韓戰爆發，美國總統杜魯門宣佈「台灣海峽中立化」，派遣第七艦隊進入臺灣海峽，解放軍渡海攻臺難度倍增。中華人民共和國決定「抗美援朝」之後，原本預備攻臺的部隊調往朝鮮半島作戰，因此在東南沿海作戰暫緩。韓戰期間，中華民國政府在聯軍統帥麥克阿瑟支持下積極備戰，試圖全面反攻大陸，多次嘗試突擊東南沿海島嶼，連連爆發如南日島戰役、東山島戰役等戰鬥，但歷年戰事皆以撤退和失敗告終。此後青海、甘肅、中緬邊境地區仍有零星戰鬥[註 5]。1953年韓戰正式停火。
1954年12月，美國與中華民國政府簽訂《中美共同防禦條約》，美國總統艾森豪宣佈「台灣海峽中立化」解除，保證對台灣軍事援助不再斷絕。1955年1月，解放軍攻占一江山島。失去一江山島的屏障，中華民國國軍在戰略考量下，決定不再分散兵力駐守浙江沿海島嶼，轉而加強金門與馬祖之防備，遂於2月在美軍協助下主動撤離大陳島全數軍民。解放軍取得大陳島後，中華民國政府的有效統治範圍退縮至台澎金馬並延續至今。
1958年8月23日，解放軍對駐守金門之國軍發動榴彈砲襲擊，是為八二三炮戰。在四十四天內，中共解放軍向金門射擊砲彈幾近五十萬發。金門防衛司令部副司令官吉星文、趙家驤、章傑等中彈陣亡。9月2日，中華民國海軍沱江號在金門料羅灣附近外海遭到解放軍魚雷艇包圍與猛烈的攻擊，幾乎沉沒。9月11日，駐守金門之國軍炮擊廈門火車站。9月22日，美國八吋大口徑巨炮由中華民國海軍運抵金門。海軍與空軍皆有交手。雙方皆稱勝利。其後十年，除1965年間偶發的東引海戰、東山海戰和烏坵海戰之外，兩岸海空軍不斷有零星交手，雙方各有戰損，但大體而言，雙方控制領域並無太大變化。
另一方面，由於中華民國代表中國作為二戰戰勝國接受了日本賠償艦艇（如丹陽號），以及接受美國援助，此時的中華民國的海空軍實力強於中華人民共和國，針對大陸民船的關閉政策得以長期執行。雙方同時長期在中國大陸沿海爆發衝突，互有勝負。中華民國政府方面允許海軍、空軍搜捕、擊毀大陸籍船隻，直到1992年才廢除對大陸方面的閉關政策。
停火狀態（1979年至今）
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更多資訊：六二七事件和小金門高炮誤擊廈門事件
廈門思明區的「一國兩制統一中國」宣傳標語。 金門大膽島的「三民主義統一中國」心戰牆。
1979年，全國人民代表大會常務委員會發表《告臺灣同胞書》，中華人民共和國國防部部長徐向前發表聲明，停止從1958年開始對大金門、小金門、大膽、二膽等島嶼炮擊，國共內戰軍事衝突告一段落。
1984年，駐紮在金門的中華民國國軍因追擊海上逃兵莊輝亮，金東師先使用輕兵器後改以105毫米榴彈炮射擊，擊中中華人民共和國實際控制的草嶼，0.19平方公里的孤島上落彈150餘發，造成中國人民解放軍兩名戰士身負重傷，但中國大陸對此事表示沉默，既未還擊，也未抗議。1987年3月7日，烈嶼師發生「東崗慘案」，6月破案法辦後，蔣經國總統於7月宣佈臺灣地區解嚴。
1991年4月22日，中華民國國民大會通過廢止動員戡亂時期臨時條款，同年4月30日李登輝總統以總統令公佈。5月1日起動員戡亂時期正式結束，中華民國政府不再視中共為叛亂團體，承認中共政權統治中國大陸的事實[39]，並宣布結束兩岸敵對狀態[40][41]。
1994年11月14日上午，小金門國軍駐軍進行火炮試射，因射程計算出錯，誤擊廈門市郊黃厝村塔頭社，造成4名大陸民工受傷，其中重傷兩人[42]。國務院台灣事務辦公室發言人對此事件表示嚴重關注，認為這是一起破壞海峽兩岸和平氣氛的惡性事件，並強烈譴責台灣當局的罪惡行徑，堅決要求台灣當局迅速查明情況，公布事實真相，並嚴懲肇事者，但後無下文[43]。
1996年中華民國第一次總統直接民選，中華人民共和國方面以東南海域為目標，實施彈道飛彈試射，中華民國國軍均進入高度備戰狀態。[44]然而隨著兩岸情勢變化及雙方領導人的更替，軍事緊張局面亦時有發生。這次危機由美國第七艦隊以「經過」之名進入台灣海峽而緩和，但解放軍軍機「不出海」之默契從此被打破，解放軍軍機活動範圍延伸至台灣海峽中線，壓縮了中華民國空軍預警時間。
2007年中共十七大時，中共中央總書記胡錦濤再度提出「兩岸簽署和平協議」主張，當時執政的民主進步黨不予理睬。但在二次政黨輪替後，國民黨籍的總統馬英九稱「不排除」與中國大陸簽署和平協議，不過並沒有時間表[45]。2011年10月又再度提出[46]，之後又表示會先經過公民投票同意再簽署[47]。但此說仍引發台灣以民進黨為首的泛綠陣營的批評，認為是片面為統一而鋪路的投降式協議，涉及改變現狀，但台灣人民並未賦予他這項權力，且缺乏第三者的監督與保證，美國等盟邦亦質疑中共並不可靠，最後無疾而終。[48][49][50][51][52]2014年春爆發太陽花學運，兩岸後續談判受阻。2015年在新加坡舉辦兩岸領導人會面，但雙方未發表共同聲明或簽署協議，和平協議仍僅止於討論層面[53][54][55][56]。
2022年8月美國眾議院議長南西·裴洛西訪問台灣造成兩岸關係再度惡化，解放軍首度出現於台灣本島東岸附近操訓[57][58]，軍艦、軍機均跨越海峽中線[59][60]。