一幅位于戈布斯坦的岩刻，时间可追溯到公元前一万年，对于当时的文化繁荣可见一斑。它被列入世界遗产，并被认为“具有杰出的普世价值”
主条目：阿塞拜疆历史
史前和古代历史
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更多信息：阿特罗帕特尼王国和高加索阿尔巴尼亚王国
在石器时代的晚期，阿塞拜疆境内有了最早人类聚居的迹象。并与位于纳戈尔诺-卡拉巴赫的阿祖卡赫洞穴（英语：Azykh Cave）遗迹有关[30]。在阿塞拜疆的塔及里尔洞穴（Tağılar）、达木达下利洞穴（Damdzhaly）、扎尔洞穴（Zar）和雅塔奇-耶律洞穴（Yataq-yeri）以及雷雅拉特普（Leylatepe）和萨拉特普（Saraytepe）坟场有着旧石器时代晚期和青铜时代晚期的文化遗迹[31]。
包括斯基提亚人在内的较早定居者，于公元前9世纪定居于阿塞拜疆[7]。自斯基提亚人到来后，来自米底王国的伊朗人控制了阿拉斯河南部地区[26]。米底王国在公元前900至700年间达到鼎盛，在公元前大约550年被新兴的阿契美尼德帝国所兼并。在阿契美尼德帝国统治下，琐罗亚斯德教开始在这个区域传播[32]。之后这个区域被亚历山大大帝的马其顿王国征服，以及成为塞琉古帝国的一部分。位于阿塞拜疆东北部的原住民高加索阿尔巴尼亚人在公元前4世纪时开始统治这个区域，建立以一个受亚美尼亚文化影响的独立王国[33]。在这个时期，琐罗亚斯德教传播到高加索地区和阿特罗帕特尼地区[32]。
公元前4世纪至3世纪，亚美尼亚人在位于现在阿塞拜疆的西南部地区建立了阿爾塔克夏王朝，在公元前189年至公元426年间，阿塞拜疆的东南部区域（包括了今飞地纳希切万）被并入了大亚美尼亚王国，由阿爾塔克夏王朝（公元前189年至公元12年）和阿萨息斯王朝（公元54至428年）先后统治[34][35]。
在拜占庭-萨珊战争期间，亚美尼亚王国国土先后遭到拜占庭帝国（公元378年）和波斯萨珊王朝（428年）瓜分并导致国家灭亡。亚美尼亚王国有着种族混居的阿尔塔克西省（英语：Artsakh）和尤迪克省（英语：Utik）于公元378年成为高加索阿尔巴尼亚王国的领土[36][37]。
于公元11至12世纪建在巴库旧城（英语：Old City (Baku)）的少女塔现在成为阿塞拜疆的世界遗产
封建时代
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公元252年，高加索阿尔巴尼亚沦为波斯萨珊王朝的一个附庸国，在公元4世纪，高加索阿尔巴尼亚Urnayr（英语：Urnayr）国王正式采用基督教为国教[38]。尽管高加索阿尔巴尼亚受萨珊统治，但在公元9世纪前仍保持了半独立的状态。在并且高加索阿尔巴尼亚为完全受控于萨珊后也仍保留了君主制[25]。随着伊斯兰的倭马亚王朝的崛起和伊斯兰对波斯的征服，逐渐控制了高加索地区。高加索阿尔巴尼亚的信奉基督教的王子Javanashir（英语：Javanashir）与倭马亚王朝哈里发摩栧（Muaviya）会过两次面。在第一次会面（667年）期间，哈里发摩栧答应了Javanashir希望减轻他国内的重税负担的请求以及察觉到Javanashir在这个地区极具权威，高加索阿尔巴尼亚虽然成为了哈里发的附庸国，但在国家内政上保持了独立[39]。倭马亚之后的哈里发国阿拔斯王朝（黑衣大食）因后期的衰落而导致了权力的真空，出现了马木留克王朝、萨吉达王朝、萨拉里王朝、白益王朝等众多的地方政权。11世纪初，阿塞拜疆境内受到来自中亚的突厥人部落的侵占。由这些突厥人建立的为第一个王朝为塞尔柱帝国，在1067年领土扩张到今天阿塞拜疆所在的地区。
在这些突厥人（或土耳其人）到来之前，生活在现在阿塞拜疆的这个地区的人们说几种印欧语系、东北高加索语系（在东北部的）的语言，其中亚美尼亚语[40][41][42][43][44]和伊朗语支的一种被称作老阿赛瑞语（英语：Old Azeri language）渐渐地被一种突厥语，即今天的阿塞拜疆语的早期形式所取代[45]。为了辨明这一支伊朗语是来自土耳其阿塞拜疆语还是阿赛瑞语，它被划归为阿赛瑞语（或老阿赛瑞语），因为突厥语和突厥人在波斯语中也被划归为“阿赛瑞”类别。然而，一些语言学家将伊朗阿塞拜疆和阿塞拜疆共和国内的那些高加索塔蒂人说的高加索塔蒂语（英语：Tat language (Caucasus)）划归为阿赛瑞语的残余部分[46][47]。自11世纪统治当地的塞尔柱帝国之后为阿德贝格，他们在阿塞拜疆境内建立的王朝为埃爾迪古茲王朝，在技术上他们从属塞尔柱苏丹，但在有时那些阿德贝格是实际上的领导者。在塞尔柱王朝统治下，在今天阿塞拜疆这个地域的尼扎米、卡克尼（英语：Khaqani）等诗人的出现使伊朗文学变得兴盛起来。之后短暂存在的札剌亦儿王朝遭到帖木儿的入侵而覆灭[48]。
统治阿塞拜疆当地的希尔凡沙阿政权也成为了帖木儿帝国的附庸国，在帖木儿帝国与金帐汗国统治者脱脱迷失的战争中援助了帖木儿帝国。随着帖木儿的逝世，出现了两个独立的敌对突厥政权：黑羊王朝和白羊王朝。希尔凡沙阿重新得权，成为一个高度自治政权的统治者。在1501年受萨非王朝的征服和迫害下，希尔凡沙阿的最后政权强制将什叶派的人数提高到了曾经逊尼派那样多[49][50][51]。
近代
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萨非之后统治这个地区的是伊朗的阿夫沙尔王朝和桑德王朝以及短暂统治这个地区的卡扎尔王朝，它所统治的北阿塞拜疆这块土地在19世纪初期战败后割让给了俄罗斯帝国，然而，特别是在桑德王朝崩溃和卡扎尔王朝早期的时候，这块地域出现了许多在实际上是自治的高加索汗国[52][53][54][55][56]。
18-19世紀初作為波斯附庸的高加索諸汗國（英语：Khanates of the Caucasus）
公元3世紀，阿塞拜疆處於波斯人的統治之下，公元642年被阿拉伯哈里發國（阿拉伯帝國）征服。公元11至13世紀阿塞拜疆民族形成，9－16世紀遭受突厥人、蒙古人和波斯人的入侵。
1804年俄軍入侵波斯北疆的占賈圍城戰
18世紀歷經彼得大帝和凱薩琳大帝富國強兵後的俄羅斯帝國迅速強大，於18世紀下半開始威脅波斯北疆。在和波斯帝國進行長達30年的戰爭後，1828年阿塞拜疆的北部歸併於俄羅斯，南部則作為波斯的一個省保留了下來，該年簽訂的土库曼恰伊条约確立了沙俄與波斯的疆界。從19世紀中葉起，巴庫的石油開採很大地抬升了外高加索的經濟實力。到1900年，巴庫成為世界首屈一指的石油中心，連帶使各國的無產階級匯集此地，形形色色的社會主義和馬克斯主義思潮將此地攪擾得動盪不安。
1917年俄國革命之後，11月建立了從外高加索民主聯邦共和國獨立的阿塞拜疆民主共和國，但此共和國先後被英國人（1918年8-9月）、鄂圖曼帝國（9-10月）、英國人（12月）給占領。同時阿塞拜疆還跟亞美尼亞民主共和國爭奪納卡地區的控制權而發生邊境戰爭。
1920年蘇俄紅軍占領阿塞拜疆，4月28日成立阿塞拜疆苏维埃社会主义共和国，1922年3月12日同格鲁吉亚、亚美尼亚组成外高加索苏维埃社会主义联邦共和国，同年12月30日该联邦共和国加入苏联，1936年12月5日改为直属的苏联加盟共和国之一。
1990年「黑色一月」時進駐巴庫以鎮壓獨立運動的蘇聯坦克
阿塞拜疆的精英在史達林的大清洗政策時大批死亡，共產黨對宗教人士的虐待也是頗為嚴酷，但在二戰時蘇聯的衛國戰爭中，阿塞拜疆動員1/5的人口參戰：約68萬人上前線（其中有10萬名婦女），25萬人戰死，而當時阿塞拜疆的人口則是340萬。1969-1982年在經濟衰退的背景下，阿塞拜疆共產黨第一書記阿利耶夫採取強硬方針宣誓肅貪，但沒能阻止官僚主義和腐敗的蔓延。1990年1月，受東歐劇變影響，阿塞拜疆人的獨立運動已在兩年內急速攀升，反亞美尼亞人的種族屠殺運動（巴庫為中心）導致蘇聯紅軍在當年一月進駐巴庫並造成傷亡與破壞，史稱「黑色一月」（約147位平民被紅軍殺死、800人受傷），這次鎮壓削弱了民族獨立運動，直到1991年蘇聯的八月政變爆發，才給阿塞拜疆完成獨立的良機。1991年8月30日宣布独立，成立阿塞拜疆共和国。
卡拉巴赫的阿塞拜疆士兵
1991年9月，亞塞拜然境內具有争议、以亚美尼亚人为主体的納戈爾諾-卡拉巴赫区域，重申了它们自愿想要脱离阿塞拜疆的宣言[57]。在法理上被国际广泛认作是阿塞拜疆的领土自1991年的纳戈尔诺-卡拉巴赫战争爆发一直被阿尔察赫共和国占据，1994年簽署停火協議後，由欧洲安全与合作组织推动談判解決納卡問題[58][59][60][61]，于2020年納戈爾諾-卡拉巴赫戰爭结束之际，三分之二部分被阿塞拜疆政府收回。2023年9月，阿塞拜疆對納戈爾諾-卡拉巴赫的阿爾察赫共和國發動攻勢，2023 年 9 月 28 日，阿爾察赫共和國總統薩姆韋爾·沙赫拉馬尼揚宣布阿爾察赫共和國將於2024年1月1日停止存在[62][63]，大量亞美尼亞人逃離納戈爾諾-卡拉巴赫[64]。2023年10月15日阿塞拜疆总统伊利哈姆·阿利耶夫访问了纳戈尔诺-卡拉巴赫地区，并在以前用作阿尔察赫总统府的建筑上正式升起阿塞拜疆国旗[65]。