最近看到的一些T2T补gap软件软件：
software
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quarTeT
https://github.com/aaranyue/quarTeT
2023
https://doi.org/10.1093/hr/uhad127
Horticulture Research
TGS-gapcloser
https://github.com/BGI-Qingdao/TGS-GapCloser
2020
https://doi.org/10.1093/gigascience/giaa094
GigaScience
DEGAP
https://github.com/Jianwei-Zhang/DEGAP
2024
大豆T2T https://doi.org/10.1016/j.xplc.2024.1009 和 DOI: 10.1093/bib/bbae194
Briefings in Bioinformatics
Gap-Aid
https://github.com/panlab-bioinfo/Gap-Aid
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未发表，看到别人的回答
FGAP
http://www.bioinfo.ufpr.br/fgap/
2014
http://www.biomedcentral.com/1756-0500/7/371/
BMC research notes
LR_Gapcloser
https://github.com/CAFS-bioinformatics/LR_Gapcloser
yagcloser
https://github.com/merlyescalona/yagcloser
pbjelly
https://github.com/esrice/PBJelly
2012
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0047768
PLoS ONE
minimap2
https://github.com/lh3/minimap2
winnowmap2
https://github.com/marbl/Winnowmap
2025
https://www.nature.com/articles/s41467-025-57722-9#Sec12
Nature Communications
Gapless
https://github.com/schmeing/gapless
2023
doi:10.26508/lsa.202201471
Life Science Alliance
TRFill
https://github.com/panlab-bioinfo/TRFill
2025
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-025-03685-5
小结
文章中有多个补gap软件，如TGS-gapcloser + LR_Gapcloser；还有利用minimap2比对，winnowmap2比对，手动补gap的，还有对特定区域PCR补gap，还有利用其他组装软件组装的基因组补洞，比如nextdenovo，verkko等等。TGS-gapcloser 不同ont pb参数，minimap2比对参数，多尝试效果会不同。
2.一般推荐使用TGS-GapCloser+ quarTeT进行补洞，分别使用三代数据和其他组装contig序列（nextdenovo，verkko等）进行补洞，，得到最终的T2T基因组。
3.总之不同软件效果不太一样，比如序列，长度都不太一样，选择能合理解释的结果即可，也可以结合多个软件补完的结果。
4.补完之后最好能加个验证。